ニセコHANAZONOヒルクライムのコースは俱知安町旭ヶ丘スキー場雪ん子館をパレードスタート。

リアルスタートとなる道道58号・倶知安農業高校正門前までは、ほぼ平坦な道を集団で走ります。

農高前からしばらくは道幅の広い緩やかな山道が続きますが、ゴールまで残り約2kmの地点（ワイスゲート）からは1車線で急勾配の九十九坂となります。後半にいくほど勾配がきつく、前半の緩斜面からのペース配分が好タイムに向けた鍵です。

ゴールは倶知安町とニセコ町の境界（標高796m）で、コース全長約16km・平均勾配約4.6%。関門は、ワイスゲートにてスタート後1時間。